约99%的肛周脓肿的发生与肛腺感染化脓有关。正常肛腺大部分位于肛门内外括约肌之间，开口位于肛隐窝。当粪便和细菌通过开口进入肛腺时可引发肛窦炎及肛腺炎症，这些炎症可扩散到肛管直肠周围组织形成肛周脓肿。肛管直肠周围存在的各间隙通常由脂肪组织和淋巴组织填充，组织疏松，感染时脓肿多发生在这些间隙。其他的病因还包括损伤、异物、直肠炎、皮肤疾病等。
但应指出有些病灶其感染并不来源于肛腺，如有些肛管直肠周围脓肿可直接来源于肛裂、血栓性外痔破裂、脱垂性血栓性内痔、内痔或直肠脱垂药物注射后，也可来源于肛周皮肤感染、败血症、血液疾患或直接外伤，少数病例还可来源于结核、溃疡性结肠炎或克罗恩病等。
